בעקבות ביקורת שנערכה במקום ע"י משרד הבריאות בו התגלו ליקויים רבים . סגן שר הבריאות יעקב ליצמן מתח ביקורת חריפה כנגד המרכז הרפואי "נצפו תשתיות

בעקבות חקירה פנימית של הנהלת קופת החולים כללית:רופאים ואחיות לא נטלו חלק בניתוחים קיבלו כספים.עוד עולה ממצאים כי תקציבים שנועדו לקיצור התורים במרכז הרפואי קפלן